Simpleaffy包无法安装

Author: zylh

August undefined, 2024

http://www.bio-info-trainee.com/1580.html Webb4 sep. 2013 · 基因芯片（Affymetrix）分析1：芯片质量分析. TAIR，NASCarray 和 EBI 都有一些公开的免费芯片数据可以下载。. 本专题使用的数据（Exp350）来自 NASCarray ， …

Bioconductor - simpleaffy - Riken

Webbaffy包是R语言的bioconductor系列包的一个，就一个功能，读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据，处理成表达矩阵！. ！. ！. 一般我们都是去GEO数据库里面知道找 … Webb13 juli 2024 · 4.1版本的R安装BiocManager包可以用以下代码（注意将BiocManager的版本号设置为 version = "3.13" ）： if (!requireNamespace ("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages ("BiocManager") BiocManager::install (version = "3.13") 其他版本的R安装BiocManager包的方法：如果R版本为3.6，将BiocManager版本号设置为version = … bkp ternate

如何确定哪个较旧版本的R包与我的R版本兼容 - 问答 - 腾讯云开发 …

Webb8 nov. 2024 · simpleaffy primer R Package Documentation rdrr.io homeR language documentationRun R code online Browse R Packages CRAN packagesBioconductor packagesR-Forge packagesGitHub packages We want your feedback! Note that we can't provide technical support on individual packages. Webb13 jan. 2024 · Although I successfully installed the package "simpleaffy'' , I cannot library it. Why? if (!requireNamespace ("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages … Webb5 feb. 2024 · 我想知道是否有人可以帮助我解决我在 install github 上遇到的问题。无论我使用remotes::install github还是devtools::install github ，我都会收到以下错误消息，内容为系统命令 Rcmd.exe 失败，退出状态：，stdout stderr bkp team

plot.qc.stats: Plots a QCStats object in simpleaffy: Very simple …

R依赖包版本过低导致的安装或调用R包时报错问题解决 - 知乎

Webb29 mars 2024 · 问题一：解决Rstudio中安装install.packages ("mvtnorm")出现 Warning in install.packages : InternetOpenUrl failed: '不能连接到吊销服务器，或者未能获得最终响应 … Webb安装完BiocManager后，我打算用其下载可用于读取基因芯片数据文件（格式为.cel)的affy包。 BiocManager::intall("affy") 但是在安装的时候，三个总计不到3MB的包下老半 … bkp tlt magwrlstd 3kmah whtWebbAffymetrix芯片原始数据的R语言处理过程网络中很多，为什么我还要写？这要回归到自己做知乎的初衷：1.这是我对自己学习过程的一种总结方式；2.分享自己的所学给需要的各 … daughter of heaven and hell

"Webb17 maj 2024 · 最终解决： bioconductor在R3.5版本以后，已经更新（或者说舍弃了）source这种安装方式，改为BiocManager进行安装。 if (!requireNamespace … " - Simpleaffy包无法安装

Simpleaffy包无法安装

WebbFunctions in simpleaffy (2.48.0) qc. Generate QC stats from an AffyBatch object. qc.get.array. Get or set the name of the array for which the current QC environment is … WebbBut I need to use another QC method from yaqcaffy package (spike controls for lys, phe, thr, dap) and it's not possible to change any file in yaqc library I think.? For another chip, U133A X3P I've not found any information about QC. I suppose this chip is very similar to hgu133plus2 chip but I'm not sure.

Did you know?

Webb8 nov. 2024 · Generate QC metrix for Affymetrix data. all.present: Filter by PMA call all.present.in.group: Filter by PMA call bg.correct.sa: Simpleaffy Implementation of Mas5 Background Correction call.exprs: Generate Expression Summaries for Affymetrix Data detection.p.val: Calculate Detection p-values get.annotation: Get annotation data for a … Webb知乎，中文互联网高质量的问答社区和创作者聚集的原创内容平台，于 2011 年 1 月正式上线，以「让人们更好的分享知识、经验和见解，找到自己的解答」为品牌使命。知乎凭 …

Webb3 使用 simpleaffy 包进行质量控制. simpleaffy整合了许多affy包常用的功能，剔除了不少基本用不着的功能，新增了质量控制的功能。. 这里只讲作质控图的流程。. 代码如下。. … Webb26 sep. 2024 · win+R或者输入cmd，切到R的安装目录x64下，即我输入命令： 1 cd C:\Program Files\R\R-4.0.3\bin\x64 进入到R的x64目录后，输入命令： 1 Rcmd INSTALL C:\Program Files\R\R-4.0.3\library\pbkrtest_0.4-7.tar.gz 仍然报错，说程辑包无效，如下图所示，这就说明R的版本没有问题，肯定是没有找到相关的内容，所以才无效。方法3： …

Webb29 okt. 2024 · 这其实就是一个文本文件，包含芯片名字、此芯片上杂交的样本名字。. 为了方便在 R 中使用 simpleaffy 包读取实验信息文本文件，需要先编辑好格式： $ ls -1 data/*.CEL > data/phenodata.txt 将这个文本文件用编辑器打开，现在其中只有一列 CEL 文件名，最终的实验信息 ... Webb5 aug. 2024 · 就是我的. "疫”外收获. 来源：人民日报新媒体. 最近看到人民日报新媒体公布的疫情相关的图特别漂亮，想着利用疫情的数据学着画一画，R语言爬虫弱爆的我，只能 …

Webb7 maj 2024 · 在R studio中使用install.packages ('affy')，无法安装affy包，问题如下： > install.packages('affy') Warning in install.packages : package ‘affy’ is not available (for R …

Webb谁能给我一下R包里面的affy包，或者谁知道这个包跑到哪里去了？. ？. 为什么R的官网没有下载呢？. ？. 在做芯片数据的研究十分着急，有的话能发我邮箱 [email protected] … daughter of hazrat aliWebbaffy 包为 Bioconductor 之中一个用于数据预处理的包。. affy 包的功能只有一个：读取 affymetrix 的基因表达芯片数据，即CEL格式文件，然后处理成表达矩阵。. 先解释以下为 … daughter of heavenWebb26 sep. 2024 · 1. Rcmd INSTALL C:\Program Files\R\R-4.0.3\library\pbkrtest_0.4-7.tar.gz. 仍然报错，说程辑包无效，如下图所示，这就说明R的版本没有问题，肯定是没有找到 … daughter of heaven filmWebb6 sep. 2015 · 1R软件包安装使用到两个软件包：affy，simpleaffy： library (BiocInstaller)biocLite (c ("affy","simpleaffy")) 另外还需要两个辅助软件包：tcltk和scales。 tcltk一般R基础安装包都已经装有。 install.packages (c ("tcltk","scales")) 2读取CEL文件载入affy软件包： library (affy)library (tcltk) 选取CEL文件。以下两种方法任选一种即可。第 … bk-psychotherapieWebb8 nov. 2024 · all.present: Filter by PMA call all.present.in.group: Filter by PMA call bg.correct.sa: Simpleaffy Implementation of Mas5 Background Correction call.exprs: Generate Expression Summaries for Affymetrix Data detection.p.val: Calculate Detection p-values get.annotation: Get annotation data for a gene list get.array.indices: Find arrays in … bkpt instructionWebb29 okt. 2024 · And as lsmatott indicated is due to simpleaffy not being available and them not adjusting their package accordingly. If it did not build correctly at least once it will not be available to download. Also indicated by the badge at the top: Platform: None. ADD COMMENT • link 16 months ago shepherl 3.4k 0 Miguel 10 @857848ba Last seen 4 … bkpt instruction in armWebbHi Simon, I use simpleaffy in R1.8.1, so I can only tell you what I did to load in my data. Maybe in the meanwhile somethings have changed. You need to make a tab delimited text file containing your filenames in the first column and your sample-code in the second column and name it for instance "covdesc". bkp to behs trains